公墓在正式投入使用后，除了固定的免费区供民众使用，还设有收费区。根据重庆市第一公墓使用办法，公墓分特甲、特乙、特丙为收费区，普一、普二为普通区，共划定墓穴4452个。其中规定特甲区一次收费一千元，特乙区一次收费五百元，特丙区一次收费二百元，之后每二十年征租一次，租金另定。在满期前一年由管理人员通知继续缴租，如满期后不缴纳至三年以上者，公墓管理处会视为无主坟墓自行迁葬或合葬。按照实施办法的设想，政策实施后收缴的租税可以满足公墓的日常维护管理，但其中存在漏洞。一是续租时限为二十年，过于漫长，年限到期后并不一定会续租。二是由于战争影响，物价飞涨，按照设定的价格收费很难达到公墓管理的需求，甚至会加重负担。因此，194_5年政府修订的公墓使用办法中重新规定了公墓收费准则。公墓征费区仍设特甲、特乙、特丙三种，分别按六千元、四千元、二千元征收。
总体而言，公墓建设经费一直面临困难，但政府通过设立公墓基金、收缴租税等办法使公墓顺利运行。文章一直讨论的是政府或者说官方的力量，事实上这个时期民间社会团体和个人对公墓经费的筹措也发挥了重要作用，例如职业公会、民间慈善组织等。需要指出的是，政府对公墓的经费支持仅限于战时，抗战结束后中央政府急于解决政治问题，对于公墓的建设放缓很多。重庆地区只能由地方完成对第四公墓的简单建筑，无力继续建设第五公墓。