在农村墓地权属纠纷的确认依据上，因为基本上农村墓地使用权都没有相关的权属证明，所以不同法院就权属问题上做出了不同的裁判，农村墓地使用权归属的确定也是司法实务工作中的重点与难点。有的法官认为农村墓地使用权应当由地方政府确权，法院不应当裁判;有的法官依据不保护墓地将破坏社会秩序的法理学逻辑推理，认为应当确定并保护农村墓地使用权;有的法官依据公序良俗的原则，按照约定俗成民间法，认为应当确定并保护农村墓地使用权。
例如，在贵州省高级人民法院的(2020)黔民申3338号民事裁定书和甘肃省张掖市中级人民法院的(2021)甘07民终205号民事裁定书中，法官认为应当适用《土地管理法》第十三条和第十四条的规定，人民政府应当依据行政规范确定农村墓地的权属，未在政府登记造册并核发证书的没有农村墓地使用权，法院无权确认农村墓地使用权。在云南省大理白族自治州中级人民法院的(2014)大中民终字第741号民事判决书中就上诉人李某某与被上诉人杨某某、姜某某的财产损害赔偿纠纷一案中，法官认为农村墓地使用权基于历史与事实确定其的认定和继承，没有农村墓地的权属证明也不应当认定其为无主财产，否则不利于对公共利益和社会秩序的保护。在广西壮族自治区三江侗族自治县人民法院的(2020)桂0226民初1161号民事判决书中就吴某甲与吴某乙不当得利纠纷一案，法官认为虽然国内农村墓地没有相关的权属证书，但是应当依据公序良俗和民间习惯确定并保护农村墓地。所以，各地法官在判断农村墓地使用权的归属问题上，因为缺乏直接可以适用的规则，只能利用公序良俗等民法原则、民法学一般理论的逻辑演绎和《土地管理法》等行政性规范进行裁判，存在“同案不同判”的问题。