元代沿用蒙古族潜埋不起坟的风俗，没有采用陵寝制度。明代则对陵寝制度作了重大改革。这项改革是从明太祖(朱元璋1358一1398)修建孝陵开始的。取消下宫设施而扩展祭殿建筑(分建左右两旁的配殿)，就废止留宿宫人，废止日常供奉的形式，更加突出朝拜祭祀的隆重仪式。陵园的围墙分为三个院落。第一院落除陵门外，两旁设置有碑亭、神厨、神库。第二院落除殿门外，设有条殿(或称享殿)和两旁的配殿。第三院落除内红门外，设有牌坊、五供台(一个香炉、两个香瓶、两个烛台)和方城明楼。明楼是方城的城楼，中立墓碑。方城之后是圆形大坟，称为宝顶，周围砌有砖壁.上砌女墙，称为宝城。汉代和唐、宋两代的皇陵都是方形的。从明孝陵起，开始改为圆形。这可能和六朝以后南方的帝王坟墓采用圆形有关。六朝陵墓除了那些深藏在山腰里不起坟丘的以外，起坟丘的陵墓都作圆形，不见有方形的。“明孝陵改方形为圆形，是受了长江流域“无方坟之习”的影响，”是很可能的。后来明十三随和清代东陵、西陵都是依照明孝陵的格局建成，变化不大。
明代帝陵的石刻群除去了宋代使用的较小的石羊、石虎，增加了前代曾经使用的较大动物和神兽，目的在于加强他们想象中的警卫力量。明孝陵前的石兽，分为狮、独角兽、骆驼、象、麒麟、马六种，共十二对，其中六对是立像，六对是卧像。明长陵沿用孝陵石刻群的组合，此后明陵都沿用长陵的定制。清代的东陵和西陵基本上沿用明陵的制度。
与前代相比，明代帝王陵墓制度具有以尸几个方面的突出特征:[3]
1.汉、唐、宋等前代主要王朝帝王陵墓选址一般是在高旷的平地或因山为藏，明代则是卜穴于山前的慢坡处，对于穴点和周围环境的选择主要依据传为东晋郭郭璞所著《葬书》中的有关理论。
2.明代皇陵陵宫采用了全新的平面布局，其结构是仿自宗庙或皇宫的“前朝后寝”之制，分为三进或两进院落，陵宫门、陵恩门(享殿前门)、陵恩殿、内红(或三座琉璃花门)、石几筵、明楼、宝顶都在一条纵向的中轴线上。陵恩殿和明楼、宝顶分别取象“朝”和“寝”。
3.经过科学发掘的明神宗定陵玄宫为三主两配五殿结构，全部以石材砌成，规模宏大，结构完整，建筑法式合乎规范，在历代皇陵中届上乘之作。
4.与前代相比，明代帝陵的祭祀制度发生了根本性的变革，取消了下宫之祭，陵墓上的祭祀场所惟有陵恩殿一处，陵祭的地位越来超重要，有的其实际地位甚至超越了宗庙。这个现象，反映出明代皇家的祭祀观念虽然未能够摆脱三《礼》之规范，但和民间一样，已经更趋近于现实。
5.明代皇陵继承了两宋以来的陵区制，而且比北宋更加彻底，各陵之间相距的距离更近;昌平陵区献陵以下诸陵的独立性较小，相对于长陵来说。
明代皇陵确立了中国传统社会晚期帝王陵墓制度的基本模式，它以其鲜明的创新特色，标志着中国古代陵寝制度走到了一个新的、也是中国传统社会中最后的一个发展阶段。
清代的陵墓墓本上是沿袭明代的陵墓的，但也有些变化，在具体建制和平面布局上、在礼制方面，与明代相比还是有一些明显的差别。清朝的陵墓是前方后园的，这与明朝的陵墓是不同的。清代五处十二座皇陵分别建于不同时期，其制度亦不尽相同。盛京三陵建于清初，保存了不少满洲旧制，介于明清皇陵制度转型期之间，特异性比较突出。陵园的布局与明代相比也发展到更成熟的阶段。